La Confederación Vasca de Fundaciones surge de la iniciativa de un grupo de diez personas integrantes de fundaciones que se plantean la posibilidad de aunar esfuerzos. La existencia de una legislación específica del Gobierno Vasco hace que la realidad de las fundaciones vascas sea diferente a la del resto del Estado.

Por ello, deciden crear una asociación que sirva de plataforma de encuentro y cooperación de las fundaciones vascas, desarrollando actuaciones de interés, facilitando la interrelación entre sus asociados y creando grupos de trabajo, jornadas y otros proyectos sectoriales.

La Confederación se constituye el 1 de abril de 2003 en el Palacio Kursaal de San Sebastián, con el fin ser un lugar de encuentro y cooperación de las Fundaciones, constituyendo una voz propia a favor de los intereses del sector y de interlocución con los poderes públicos desde posiciones pluralistas.